| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | = 2774193 | NA (NA) | 13 (1.540) | 11/44 | NT | 93.7% | intergenic (+170/+23) | ECB_RS13760/ECB_RS13765 | IS4 family transposase/type I toxin‑antitoxin system Hok family toxin |
| ? | NC_012967 | 4524519 = | 1 (0.100) | coding (491/549 nt) | fimA | type 1 fimbrial major subunit FimA | |||||
TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATggg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012967/2774159‑2774193‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC > NC_012967/4524519‑4524555 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:147795/36‑1TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:884550/36‑1TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:177491/36‑1TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTCATG > 2:269196/1‑36 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:286915/1‑36 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:14917/36‑1 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:118183/1‑36 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:112208/1‑36 AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG > 2:300782/1‑36 ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCA < 2:527668/36‑1 TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA < 2:782562/36‑1 TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCACCCC > 2:439343/1‑36 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG < 2:510864/36‑1 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT < 2:362157/36‑1 CTTAAGTTAGCGCTTATAGGCCGCAACCCCGGGTGC < 2:978159/36‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG < 1:549587/36‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC < 1:258081/36‑1 GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA < 1:853643/36‑1 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA < 1:287128/36‑1 tgGCGCTTATGGGCCGGATCCCCGGGTGCTGCTAAT < 1:630435/34‑1 TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAc > 1:860956/1‑35 CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG > 2:876436/1‑36 GCTTATGGGCCCCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG < 1:170787/36‑1 CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA < 2:623249/36‑1 TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT < 1:271752/36‑1 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG < 2:168132/36‑1 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG < 1:878675/36‑1 GGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC < 2:78871/36‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATggg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012967/2774159‑2774193‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC > NC_012967/4524519‑4524555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |