New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012967 | 2772857 = | NA (NA) | 13 (1.540) | 7/44 | NT | 93.7% | intergenic (+378/‑54) | iap/ECB_RS13760 | alkaline phosphatase isozyme conversion aminopeptidase/IS4 family transposase |
? | NC_012967 | = 4524530 | 1 (0.100) | coding (502/549 nt) | fimA | type 1 fimbrial major subunit FimA |
TCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTT > NC_012967/4524495‑4524565 | ttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAcccc > 2:439343‑M2/25‑36 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCa > 1:642942‑M2/1‑35 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCggg < 2:510864‑M2/16‑1 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGt < 2:362157‑M2/17‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcg > 1:981573‑M2/1‑29 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcg > 1:81132‑M2/1‑29 (MQ=255) cttaagttagcgcttatAGGCCGCAACCCCGGGtgc < 2:978159‑M2/19‑1 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGtgctg < 1:549587‑M2/21‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGtgctgc < 1:258081‑M2/22‑1 (MQ=255) gttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 1:853643‑M2/24‑1 (MQ=255) ttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa < 1:287128‑M2/25‑1 (MQ=255) tggcgcttatGGGCCGGATCCCCGGGTGCTGCTAAt < 1:630435‑M2/26‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCtaac > 1:860956‑M2/11‑35 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaactta > 1:943054‑M2/1‑21 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaactta < 1:321364‑M2/36‑16 (MQ=255) gCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaactttag < 2:184165‑M2/36‑18 (MQ=255) cgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCg > 2:876436‑M2/8‑36 (MQ=255) gcttatGGGCCCCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 1:170787‑M2/30‑1 (MQ=255) cttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGa < 2:623249‑M2/31‑1 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaaggg < 1:700731‑M2/36‑20 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaaggg < 1:316591‑M2/36‑20 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaaggg < 1:73382‑M2/36‑20 (MQ=255) ttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:271752‑M2/32‑1 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggt > 2:473297‑M2/1‑16 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAACCCagaagcgccaacttaagggt > 2:118974‑M2/1‑16 (MQ=255) tatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 2:168132‑M2/33‑1 (MQ=255) tatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 1:878675‑M2/33‑1 (MQ=255) ggggCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgt > 1:434581‑M2/1‑13 (MQ=255) gggCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgtg > 1:136726‑M2/1‑12 (MQ=255) gggCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgtg > 2:319296‑M2/1‑12 (MQ=255) GGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 2:78871‑M2/36‑1 (MQ=255) cGCAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtat > 1:983902‑M2/1‑8 (MQ=255) cGCAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtat < 2:628678‑M2/36‑29 (MQ=255) cGCAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtat < 1:275637‑M2/36‑29 (MQ=255) gCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc > 2:588389/1‑36 (MQ=255) cAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtatta < 1:878329‑M2/36‑31 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa < 1:85986/36‑1 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg > 1:639954/1‑36 (MQ=255) cccgtaagcgctaacttaagggttgtggtattacgc > 2:247702‑M2/1‑3 (MQ=255) ccccGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAgg < 2:768222/36‑1 (MQ=255) ccccGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCCTCAAgg > 2:924406/1‑36 (MQ=39) cccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc < 2:666158‑M2/36‑34 (MQ=255) cccataagcgctaacttaagggtcgcggtattacgc < 2:738811‑M2/36‑34 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgct < 2:196955‑M2/36‑35 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcc < 1:690732‑M2/36‑35 (MQ=255) ccaaaagcgctaacttaagggttgtggtattacgcc < 1:318593‑M2/36‑35 (MQ=255) ccGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGtt < 1:405391/36‑1 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct < 1:220976‑M2/36‑36 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct > 1:786760‑M2/1‑1 (MQ=255) | TCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTT > NC_012967/4524495‑4524565 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |